敦煌市是全省第二批新型农村合作医疗制度试点县（市）之一。自2005年启动以来，敦煌市以扩大新型农村合作医疗覆盖面和受益面为重点，不断健全完善管理服务体系，切实加强了机构、人员、编制和经费保障；探索建立了"合管办管事、财政局管账、银行管钱、医疗机构管报销"的钱、账、事分离的封闭管理模式，切实做到了基金收支分离、钱帐分离、管用分开，封闭运行；严格落实定点医疗机构三级公示制度和窗口直报制度，切实维护了广大参合群众利益。

　　同时，积极适应新型合作医疗发展的新变化、新要求，取消了转院审批制度，进一步方便了农民群众外出就医；落实了"三升一降三增加"（"三升"即以提高报销比例为主，把乡镇卫生院的报销比例由50％提高为60％，市级医院的报销比例由40％提高为45％，省外医院、省内医院转外报销的比例分别由25％、30％统一提高为30％；"一降"即降低乡镇卫生院的报销起付线，由200元降为100元，市级医院及市外医院仍分别保持400元、1000元的起付线不变；"三增加"即：增加了慢性病门诊补助，对长期患病却不需要住院或住不起院的高血压病、中风后遗症、慢阻肺、糖尿病、癌症、慢性肾炎等6种慢性疾病患者，每年给予150元门诊费用定额补助；增加了孕产妇住院分娩补助，凡是符合计划生育政策且住院分娩的孕产妇，也可享受150元的定额补助；增加了特定人群健康检查补助，由市卫生局、市合管办每年安排一定年龄段的参合农民进行免费体检）的政策调整，全面提高了参合群众报销比例。

　　2007年，敦煌市参合人数达9.11万人，参合率达95.3%，共筹集新型农村合作医疗资金546.65万元；住院5336人次，产生医药费1585.6万元，报销金额417.5万元，实际报销比例为26.3%，人均报销782元。自2005年以来，敦煌市共为13165人次的参合群众报销医药费用952.2万元，人均报销723元。